Yttri tự nhiên chỉ bao gồm một đồng vị (Y89). Các đồng vị phóng xạ ổn định nhất là Y88 có chu kỳ bán rã 106,65 ngày và Y91 với chu kỳ bán rã 58,51 ngày. Tất cả các đồng vị khác có chu kỳ bán rã nhỏ hơn 1 ngày, ngoại trừ Y87 với chu kỳ bán rã 79,8 giờ. Phương thức phân rã chủ yếu của các đồng vị dưới Y89 là bắt điện tử còn phương thức chủ yếu của các đồng vị trên Y89 là bức xạ beta. Hai mươi sáu đồng vị không ổn định đã được nêu đặc trưng.

Y90 tồn tại trong cân bằng muôn thuở với đồng vị cha của nó Sr90, là sản phẩm của các vụ nổ hạt nhân.